记账凭证核算程序的缺点主要包括：
1. 登记总账的工作量大 ：每笔业务都需要直接根据记账凭证登记在总账上，导致工作量较大。
2. 不便于会计合理分工 ：由于每笔业务都需要单独登记，这不利于会计工作的分工和协作。
3. 不易反映账户的对应关系 ：在总账中不能直观地反映账户之间的对应关系，这可能会影响对经济业务的详细分析。
4. 不便于查账和对账 ：逐笔登记的做法使得查账和对账过程变得复杂和繁琐。
5. 方法不易掌握 ：对于初学者而言，记账凭证核算程序可能相对复杂，不易快速掌握。
以上是记账凭证核算程序的主要缺点。
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